与一般的工业污水处理相比，抗生素生产废水也采用物理化学法和生物技术技术或两种联合处理。抗生素废水主要是有机物质。虽然它含有难生物降解和抑制微生物生长的物质，但经过适当的预处理和细菌驯化后，生物法可以达到良好的处理效果。其中，生物处理方法是主要的处理方法，包括厌氧法、厌氧法、厌氧联合法。以下是一些常见的生物处理方法。

  厌氧生物处理技术在抗生素药物废水处理中的成功应用，极大地促进了抗生素的生物处理。厌氧处理技术是一种有效的去除有机污染物并将其矿化的技术。它将有机物转化为甲烷、二氧化碳和其他气体。厌氧处理比好氧处理有很多优点：对于高浓度和中浓度的废水，厌氧处理比好氧处理便宜得多，可以回收沼气。这是一种生产能力过程：处理污水所需的反应器体积较小;能耗低(约10%~15%的好氧处理工艺)，污泥产量小(约10~15%的好氧处理工艺);同时，它对营养物质的需求较低。

  目前使用的厌氧反应器主要分为普通厌氧消化池、提升式厌氧污泥床(UASB)反应器、厌氧接触工艺、厌氧过滤器、厌氧颗粒污泥膨胀床(CEGSB)、厌氧流化床反应器、厌氧复合反应器、厌氧生物转盘等7种类型。目前，UASB、水解方法等在抗生素药物废水的生产规模中应用较成功，其他方法应用较少的原因是其设计、操作研究不足，缺乏对各种抗生素废水成分的综合分析和化合物厌氧生物毒性的研究。